1. Đăng ký phương tiện lần đầu đối với phương tiện chưa khai thác trên đường thủy nội địa;

2. Đăng ký phương tiện lần đầu đối với phương tiện đang khai thác trên đường thủy nội địa;

3. Đăng ký lại phương tiện trong trường hợp phương tiện thay đổi tên, tính năng kỹ thuật;

4. Đăng ký lại phương tiện trong trường hợp chuyển quyền sở hữu phương tiện nhưng không thay đổi cơ quan đăng ký phương tiện;

5. Đăng ký lại phương tiện trong trường hợp chuyển từ cơ quan đăng ký khác sang cơ quan đăng ký phương tiện thủy nội địa;

6. Đăng ký lại phương tiện trong trường hợp chuyển quyền sở hữu phương tiện đồng thời thay đổi cơ quan đăng ký phương tiện;

7. Đăng ký lại phương tiện trong trường hợp chủ phương tiện thay đổi trụ sở hoặc nơi đăng ký hộ khẩu thường trú của chủ phương tiện sang đơn vị hành chính cấp tỉnh khác;

8. Cấp lại giấy chứng nhận đăng ký phương tiện thủy nội địa bị mất, hỏng;

9. Xóa đăng ký phương tiện thủy nội địa.